我們要能瞭解大學研究與知識的能量，加強基礎與臨床之合作互動，透過廣泛的諮詢、討論與推廣 (dissemination)，進行各重要領域 (critical technology) 之標竿分析 (benchmarking)，建立發展之優先順序及可行性 (feasibility)。有共識的宏願和明確的工作目標後，才能發揮整體力量達成卓越。
中國醫藥大學附設醫院的各研究單位〈實驗室、研究群、研究中心〉，必須強化領導，人才宜就海內外人才進行廣泛性的公開招募。研究群的主持人，以其專長、能力和研究成果為原則，不以行政職位或教職高低為唯一依據。
本院研究發展體系的經營與管理將遵循下列原則：
- 促進基礎醫學與臨床醫學研究之整合及合作。
- 突破目前制度、人事與財務之僵化，實現以〈人〉為中心的管理體制，以整合研究成果整體觀點來開展新的經營與管理。
- 活用研究員、博士後研究員及技術員制度 — 挹注研究人力，給予良好研究環境，評估績效，獎勵競爭，以強化研究活力。
- 鼓勵研究人員/醫師科學家至著名海外研究單位進行研究。建立醫師在國外取得博士之管道，確保返國後就業與繼續從事研究的途徑。
- 順應世界潮流，實施雙軌制度，依研究成績分配研究時間，符合人盡其才的精神。
- 研究單位或研究群的績效要具體評估，以作為資源與人力分配之依據。
- 強化研究儀器之整合與管理，廣設核心或共同實驗室，加強研究技術之支持與服務，提升研究效益，確保研究品質。
- 協助研究人員取得專利手續，建立完善專利維護與技術轉移之管理制度。「專利」取得亦應視為研究成果。
- 透過產學合作或社會對提高人類健康及生活品質之訴求，成立研究發展基金，以充實研究經費。
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